ブートローダー
コンピュータの起動直後に自動的に実行されるプログラムのこと。
自作キーボードでは、キーボードとして動作するか、ファームウェアの書き換えを行うか切り替えるために使われている。
ATmega32u4ならブートローダー自身をISPから書き換えることが出来るが、基本的にはその必要はない。
主なブートローダー
Caterina
Arduino IDEから書き込める
Pro Microに初めに入っているのはこれ
QMKの書き込みコマンドは
make keyboard:keymap:avrdude config.h に #define CATERINA_BOOTLOADER と書くことでRESETキーに対応できるリセットしてもRX/TX LEDは光らない
Leonardo版
QMK書き込み時のリセットボタンは1回押し
ProMicro版
QMK書き込み時のリセットボタンは2連打?要検証 
手元環境ではどうやっても書き込めない
DFU
QMKで
make keyboard:keymap:production とすると作られるQMKの書き込みコマンドは
make keyboard:keymap:dfu リセットするとTX/RX LEDが点滅する
RESETキーに対応するなどの利点がある
よくわからん
LUFA
QMKでバイナリファイルを作るコマンドは
make keyboard:keymap:flashbin ブートローダーモードのときにTX/RX LEDが点滅する