ページ下に表示される「リンク先のリンク」ですが、ページごとに高々1回しか表示されない仕様になっているようです。

リンクの有無を、データベースのように利用したいので、全部表示するようになっていると便利です。

現行の挙動の変えるので、プロジェクトの settings で切り替えられるようにすると良いと思います。

関連ページ表示の際、ツールチップで他のリンク先も表示してほしい と同様ですね。

はい。下の関連ページは並び替えたり、個数がわかるようにしたりしたいです

現在はページ内に登場した順に表示していっているので、そこも並び替えたりしたいですね

sortは実装しました（たしか2018年春ごろ）

はい。正リンク群と被リンク群を混ぜるか、混ぜない(＝分ける)か。分けるなら、どちらの群を先におくか、各群の整列順は、などを調整できるといいですね。関連ページ表示の際、ツールチップで他のリンク先も表示してほしい

なぜリンクの方向で分類したいのですか？

ちょっとずれますが、同様に分類したいと主張しているページを挙げておきます

参考：関連ページでは、リンクページと被リンクページとを区別して表示して欲しい