普及しているファイルシステムは大抵木構造

どこに置いたかすぐ忘れる

どこに置こうかすぐ迷う

探す方はEverythingでだいぶマシになる

Mac限定なら、HookMarkがまさにそれっぽい

WindowsならFenrirFSというものがありますね、使ったことは無いですが

タグ付けシステムかー

タグつけなくても結構便利でした（当時だとメモリとかの問題で重いのが難点でした）

全文検索システムとして使えばいいのかな？

全文検索ならファイルシステムをScrapbox化したい#6012734cdb62ad00002b9a57でもできそう