>太平洋戦争後、GHQによって解体された忍者組織は、紛争やテロの時代になり消滅したかに見えたが、再び多くの忍者が日本国内の官民、あらゆる組織に潜伏し、暗躍していた。その数は約20万人といわれ、忍者は現在も日本に存在している。しかし、末端の忍者によっては職にあぶれ、ニート同然の生活を送っている者もいた。その中の一人、雲隠九郎はある日、上からの指示で、最新鋭の装備と共にある高校への潜入の依頼を受ける。