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NetworkX
Pythonのネットワーク解析・可視化用ライブラリ。

可視化
ネットワーク図の生成

解析
一般的なネットワーク分析(中心性や最短経路など)

出力機能も充実

matplotlib(各種画像フォーマット)
Graphviz(dot形式やpygraphviz)
GML(CytoscapeやGephiと連携できる)
GraphML(CytoscapeやGephiと連携できる)

様々な形式でアウトプット(GEXFも可)

Matplotlib -- 図や折れ線グラフなどを書いてくれるライブラリ
NumPy -- 数値計算をしてくれるライブラリ
D3.js -- データ可視化のためのJavaScriptライブラリ