受精卵または単為発生卵、あるいは無性的に生じた芽体、芽や胞子など未分化な細胞もしくは細胞集団から、種の一員としての生殖可能な個体が生ずることをいう。

一方、これと対をなす概念に系統発生があり、生物の進化の道筋で、ある生物種が生じ系統として確立する過程をさす。

個体発生は、細胞分裂により一定の数に達した細胞集団が、一定の秩序と広がりをもって配置され、同時にそれぞれの位置に応じた機能を果たすように分化することにより、独立した1個の生物体となる過程をいう。受精卵から出発した場合、この過程は胚(はい)発生の過程と、これが成長・成熟して生殖能力をもつに至る過程とに分けられる。無脊椎(むせきつい)動物では、後者は後胚発生とよばれ、1回以上の変態を経たのち成体となる。多くの脊椎動物では身体の成長と諸機能の成熟をまって成体となる。

「個体発生は系統発生を繰り返す」というドイツの動物学者E・H・ヘッケルの考え方は大筋において正しく、胚発生のある時期に、その種より系統的に古い種の形態的特徴が認められる。