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箱の実態
とは本書が用いる比喩表現であり、実際に箱を使うわけでは有りません

基本的には箇条書きで表現します
たとえば
インボックスとは「頭の中にあるもの」をリストアップしたリストですし
プロジェクトとは「(インボックスから分類された)あなたが直近やると決めたこと」のリストです。
リストをどう実現するかは私たちの自由です。
紙だろうと、テキストファイルだろうと、あるいはクラウドサービスだろうと、自分の好きな手段が使えます。
項目の書き方についても、同様に自由ですが、書き方は色々あります。いくつか例を挙げます。
一行一項目
md
- 項目A - 項目B - 項目C
一行一項目(先頭を にした)
txt
・項目A ・項目B ・項目C
一行一項目(ネストあり)
md
- 項目A - 状況: xxx - タスク1 - タスク2 - タスク3 …… - 項目B - 状況: xxx - …… - ……
一行一項目(ネストあり)(先頭の記号をなくした)
txt
項目A 状況: xxx タスク1 タスク2 タスク3 …… 項目B 状況: xxx …… ……

箇条書き以外の入れ物も使えます
たとえば
インボックスとして「メールの受信箱」「未処理書類を入れたトレー」なども使えますし、
資料としては「ファイルを入れたフォルダ」「書類を入れたキャビネット」「本を入れた本棚」などもあるでしょう。