LogseqのMac版を先に使っていて、そのときiCloud Driveにフォルダを作っていたら特に問題ないはず。

別の場所にフォルダを作っていたときは、settings からいったんキャッシュをクリアして、その後「open」でiCloud Driveのフォルダを指定する必要がある。

ただし、キャッシュをクリアすると、フォルダが消えるので、フォルダの中身を移動させてから行うこと。