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ATMEGA32u4 で外部からクロックを入力する
使い方の概要
データシートの 6.6 External Clock を見る
XTAL1 に外部クロック入力を入れる
XTAL2 は NC

問題点
実装面積を減らすためにオシレータを使うはずが,5V駆動で小さいものがあまりない

利点
実装面積・部品点数が減る
水晶とコンデンサのマッチングに気を使わなくて良くなるhsgw
STM32F0x2ならクリスタルもオシレータも必要ない
5V→3.3Vの電源回路が必要ですhsgw
Nuvoton NUC126 を普及させていこうなelfmimi

クロックソース
SiTime のMEMS発振器 http://akizukidenshi.com/catalog/g/gI-11094/ などが使えそう.
SOT-23 なので水晶と比べるとはんだづけがしやすい.パターン設計が気楽かどうかは不明.
↑上のは電源電圧3.3Vなので5V(4.5V)で使うのは規格外です.
アーほんとだ……ありがとうございますlunar0