アミノ酸
alias: amino acid
鏡像異性体であるL型とD型が存在する
炭素原子を水素原子のほうから見ると、カルボキシ基、側鎖、アミノ基が時計回り
自然界のタンパク質は20種類のL型アミノ酸からなる
生物がタンパク質に用いることはないが、その理由は不明である
アミノ酸の性質は主に側鎖の電荷、極性、体積によって分類されている
タンパク質の立体構造はこれらの特徴によって大きく変わると考えられている
e.g. 疎水性のアミノ酸はタンパク質の内部に多く、親水性のアミノ酸はタンパク質の表面に露出していることが多い
アミノ酸の体積が変われば、アミノ酸分子間にはたらくファンデルワールス力が変化し、立体構造が変わる可能性がある
アミノ酸の極性と体積の違いをユークリッド距離として計算した値は、アミノ酸の進化的な変化(置換)の起こりやすさに相関していることが知られている
このことは、二つの性質が似たアミノ酸は、タンパク質の機能や構造をあまり変えないので、進化のうえで相互に置換が起こりやすいことを示唆している
アミノ酸はこれらの性質により、大まかにいくつかのグループに分けられる