Godot 4.0 beta6 で確認

Editor Settings - テキストエディター - 外観 - Gutters の設定

デフォルトは true

スクリプトエディタ上で特定のコード行にブックマークをした時に、左側の溝(Gutter)にブックマークアイコンを表示するかどうかのオプション

アイコンとは、これのこと