Scrapboxの使い方として、

文章で記載することで関係性を明記する様にしましょう

逆に整理整頓したいナレッジについては、ハッシュダグをつけるのもアリ？

下記2点を恐れているので、それが起こらないならば。

タグが乱用されて、「Links」が見づらくならない

タグがあるからいいや。と文中リンクが使われない

ナレッジを整理整頓したい。ハッシュタグで。ってあんまり想像はできていないんだけどどんなの？

「ナレッジは必要なときに見つかればいい」と思っており、タグで管理されるより文中リンクで飛んで見つける方が動きとして自然だと思う

「最初に見るべきページ群！」みたいな場合は、ストーリー仕立てで「どんな順序で読んだらいいか？」を整理してあげて、これまた文中リンクのほうが読みやすいと思う