フローチャートとは、処理の流れを「箱」と「矢印」で図解したものです。

GTD においては、「頭の中にあるもの」が「頭の中」から「次に取るべき行動」までどのように流れていくかという経路（ワークフロー）をフローチャートで表現することが多いです。

以下のような図を見たことはあるでしょうか。

Google 画像検索で検索してみた例

これが GTD におけるフローチャートです。

図はネットで調べれば多数ヒットします。

お気に入りのものを手元に持っておくと、全体の流れをすぐ確認できるようになるため、（慣れていないうちは）便利だと思います。